分子对接期刊权威发布_分子对接怎么分析(2024年12月精准访谈)
网络药理学:中药发文秘籍大公开! PPI分析 利用STRING数据库,我们构建了基于68个共有靶点的PPI网络。通过cytoHubba插件中的MCC算法,我们发现了5个核心靶点:IL6、VEGFA、AKT1、TNF和IL1B。利用MCODE插件进行蛋白质聚类,我们得到了三种不同的蛋白质簇。进一步进行GO-BP分析,结果显示: Cluster1:参与细胞迁移、凋亡信号通路的调控、炎症反应的调控和血管内皮生长因子生成等过程。 Cluster2:涉及血液凝固的正向调节、上皮细胞凋亡过程的调节、活性氧代谢过程的调节和炎症反应等生物进程。 Cluster3:参与外源分解代谢过程、脂肪酸生物合成和代谢过程。 分子对接 使用AutoDock Vina软件,我们将五大核心成分(槲皮素、汉黄芩素、植物甾醇、黄芩素和延胡索)及小檗碱与IL6、VEGFA、AKT1、TNF、IL1B、MAPK1、FOS等核心靶点进行分子对接分析。结果显示: 汉黄芩素与FOS的结合活性为−9.4。 小檗碱与FOS的结合活性为−9.0。 槲皮素与FOS的结合活性为−8.2。 小檗碱与AKT1的结合活性为−8.2。 小檗碱与TNF的结合活性为−8.0。 分析结果 PPI网络分析结果:图3展示了共有靶点的PPI网络、前20度值的共有靶点条形图、前5个核心靶点、MCODE插件分析中获得的三个蛋白簇以及GO-BP分析中获得的三个蛋白簇。 分子对接结果:图4展示了核心靶点和核心成分之间的分子对接结果(亲和力最低的5个结果),包括汉黄芩素与FOS、小檗碱与FOS、槲皮素与FOS、小檗碱与AKT1以及小檗碱与TNF的对接情况。 这篇文章紧扣国家扶持的热点话题——中医药,采用常规网络药理学进行分析,并通过分子对接和动物实验验证,提升了文章的质量和创新性。不到一个月就被接收,可见期刊对文章思路的青睐程度。
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