研究发现，莲生物碱生源合成研究主要集中于酶基因在莲不同组织的表达量与生物碱含量相关性研究方面。此外，甲基转移酶的修饰在丰富莲 BIAs 的方面发挥了重要作用。随着莲不同部位和不同发育时期化学成分的逐步解析，以及越来越多生物合成途径相关酶及基因的发现，推进莲生物碱生物合成途径的阐析、开发高生物碱含量新品种，尚有几个关键问题待进一步研究和解决。
首先，莲中生物碱合成途径中相关酶基因具体功能不明确。可以将基因过表达、基因敲除、RNA 干扰和反义技术等植物基因功能验证技术，应用于后续对莲生物碱合成途径中相关酶及基因进行功能验证分析，为阐明莲生物碱生物合成途径提供研究基础。 第二，有研究表明生物碱的生物合成和积累发生在植物的所有器官中，目前对莲生物碱生物合成细胞定位研究关注较少。因此，多组学联合对莲生物碱生物合成进行细胞定位研究有助于解析其合成机制。第三，转录因子可以调控生物碱的生物合成，研究表明转录因子对莲中 BIAs 的积累具有调控作用，目前在莲中已发现了 WRKY、bHLH 等转录因子，但尚不能解析莲生物碱生物合成途径中的转录调控机制，需进一步研究调控莲生物碱生物合成的关键调控因子，以实现目标次生代谢产物（如荷叶碱）的大量合成与积累。最后，荷叶、莲子心的“同源异效”现象的生物合成分子机制有待深入研究，进一步对NnCYP80A、NnCYP80G 酶基因进行功能验证 ；同时通过代谢组学、转录组学等多组学方法分析挖掘荷叶、莲子心生物碱合成途径中差异成分的其他关键基因，从分子角度揭示荷叶、莲子心生物碱成分差异的原因。
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