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找lncRNA秘籍 在生物信息学研究中,寻找与特定基因集和表型相关的lncRNA至关重要。以下是一些实用的方法,帮助你在生信分析中找到你感兴趣的基因集: 数据库资源 随着生物信息学的发展,许多数据库应运而生,涵盖了各种类型的基因信息。例如,IMMPORT官网提供了2000+免疫相关基因和通路,而铁死亡数据库则收录了100+铁死亡基因。根据你的研究领域,选择合适的数据库进行搜索。 GSEA官网 GSEA官网提供了丰富的基因集资源。你可以通过注册教育邮箱,下载你感兴趣的基因集。只需输入关键词,就能检索到所有相关的基因集,这是寻找基因集的常用方法。 高质量文献 从已发表的高质量文章中搜集基因集也是一个不错的选择。推荐至少是NC(Nature Communications)级别的文章,因为这些文章的质量较高,能够为你的研究提供可靠的起点。比如,如果你想寻找m6A相关基因,可以去高分生信期刊如Molecular Cancer中寻找,这些文章通常会在补充材料中提供相关基因。 自定义筛选 虽然自定义筛选通常不常用,但在研究lncRNA、miRNA等非编码RNA时,可能需要结合特定的筛选标准。例如,如果你想寻找铜死亡相关的LncRNA,可以先找到10个铜死亡基因并提取表达矩阵,然后与10000+ LncRNA的表达矩阵进行相关性分析(如Pearson或Spearman分析),再制定标准(如相关系数>0.6,P<0.01),提取所有满足条件的LncRNA。 通过以上几种方法,你可以更有效地找到与特定基因集和表型相关的lncRNA,为你的生物信息学研究提供有力支持。
网络药理学步骤流程图 现在,越来越多的人开始接触生信研究,网络药理学作为一种在线预测工具,其实非常简单易用。它不仅能帮你绘制出精美的网络图,还能帮你找到中药复方的潜在靶点和通路。下面,我们将通过一篇文章,看看如何基于网络药理学预测并发表一区SCI。 期刊:Phytomedicine 影响因子:7.9 题目:Network pharmacology-based study on the mechanism of ShenKang injection in diabetic kidney disease through Keap1/Nrf2/Ho-1 signaling pathway 思路解析: 1️⃣ 首先,他们列出了肾康注射液(SKI)中的多种成分,并将其输入到TCMSP系统中进行预测,得到了280个潜在的基因。 2️⃣ 然后,将这些基因与可能诱发糖尿病肾病(DKD)的基因进行交集分析,并进行GO/KEGG富集分析和药物成分疾病目标网络分析,发现可能与铁死亡有关(虽然排名靠后,但有点牵强)。 3️⃣ 进行表型验证:观察小鼠的体重、血脂、肾功能、肾脏组织学和氧化应激水平。 4️⃣ 检测肾脏内铁离子和铁死亡通路的变化。 5️⃣ 进行细胞实验和影响铁死亡的Keap1/Nrf2/Ho-1通路验证。 数据库和生信工具: 网络药理学系统:TCMSP system 疾病相关基因检索:GenGards, OMIM, drugbank, TTD, Disgene 蛋白互作分析:Sting 蛋白互作画图:Cytoscape 3.9.0(画图花了不少时间) GO/KEGG分析:Metascape数据库 ᠦ后,提醒大家,这篇文章没有检测AST和ALT等肝功指标,以验证药物的肝毒性。 通过以上步骤,你可以轻松发表一篇基于网络药理学的中药复方研究SCI论文。简言之,就是幻想一个通路,然后网络药理学强行解释一下,最后在动物和细胞上找一找相应的表型。这样一篇文章就可以复现出来,美其名曰循证医学。
网络药理学助力中药复方轻松发一区SCI 最近大家都在讨论生信,网络药理学更是其中的热门话题。其实,网络药理学真的很简单,就是在线预测嘛!但它能帮你找到中药复方的潜在靶点和通路,真是太棒了!今天我们就来看看一篇基于网络药理学预测并依赖铁死亡的中药复方如何轻松发表一区SCI。 文章概况 期刊名:Phytomedicine 影响因子:7.9 题目:Network pharmacology-based study on the mechanism of ShenKang injection in diabetic kidney disease through Keap1/Nrf2/Ho-1 signaling pathway ᠦ路解析 列出肾康注射液(SKI)中的多种成分,并将其输入TCMSP系统进行预测,得到280个潜在基因。 将这些基因与可能诱发糖尿病肾病(DKD)的基因取交集,进行GO/KEGG富集分析和药物成分疾病目标网络分析,发现可能影响铁死亡(排名靠后,略显牵强)。 进行表型验证,包括小鼠的体重、血脂、肾功能、肾脏组织学和氧化应激水平。 检测肾脏内铁离子和铁死亡通路变化。 进行细胞实验和影响铁死亡的Keap1/Nrf2/Ho-1通路验证。 ️ 数据库和生信工具 网络药理学系统:TCMSP system 疾病相关基因检索:GenGards, OMIM, drugbank, TTD, Disgene 蛋白互作分析:Sting 蛋白互作画图:Cytoscape 3.9.0(画图至少花了2个小时) GO/KEGG分析:Metascape数据库 总结 这篇文章通过幻想一个通路,然后利用网络药理学强行解释,再在动物和细胞上找相应的表型。虽然看起来简单,但效果却非常好。希望这篇文章能给你一些启发,毕竟循证医学还是很重要的嘛!
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