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论文ddt

24Fall选校太多?帮你精简定位! 由于某些原因,我决定全球混申,结果要申请的学校实在太多了,感觉根本申请不过来。希望大家能帮我看看哪些可以删掉,或者有没有需要加的。基本是BE/BME/CE项目。 美国学校(部分) Harvard MIT JHU Stanford UCB UCSD UCLA Upenn Caltech Columbia Yale UNC UW Umich Duke Tri-progrom or Weli Cornell Cornell NEU BU UW-Madison UT-Austin 其他国家(部分) 新加坡 欧洲 加拿大 个人情况 我是浙江大学本科,主修药学,副修创新与创业管理。GPA是3.9+,托福102,没有GRE。申请方向是BME/CE,具体领域是生物材料、药物递送和合成生物学。 科研经历 哈佛大学:做了一年RA,还有一个独立项目。 国内:两个国创项目(主要药物递送及结合柔性电子方向),西湖大学科研一段(柔性光子实验室),北卡线上暑研一段(高分子方向)。 竞赛和论文 IGEM竞赛金奖,队长,纯合成生物学。 一作综述2篇(Matter,DDTR),二作综述2篇(Device,BMEF),共一作Wiley book chapter篇,挂名article若干(从子刊到小刊物)。 推荐信 浙大大佬+小老板1封,哈佛1封,IGEM指导老师。 只考虑PhD 希望各位大佬帮忙看看,哪些学校可以删掉,或者有没有需要加的。感觉选校真的有点多,有点无从下手。

AlphaFold3揭秘:原理可视化 想要了解AlphaFold3是如何工作的吗?它的架构相当复杂,论文中的描述可能会让人感到困惑。因此,我们制作了一个更加友好且详细的可视化图表,帮助你更好地理解其原理。 𐟓Š 模型概览 AlphaFold3模型可以分为三个主要部分: 准备阶段:用户提供一些分子的序列,以预测它们的结构。这些序列需要被嵌入到数值张量中。此外,模型还会检索一组与用户提供的分子具有相似结构的其他分子。输入准备步骤识别这些分子,并将它们作为自己的张量嵌入。 表征学习:给定创建的单个和成对张量,使用多种变体的注意力机制来更新这些表征。 结构预测:使用改进的表征,以及创建的原始输入,通过条件扩散来预测结构。 𐟔 输入准备步骤 Tokenization:将分子序列转换为数值张量。 检索:找到与用户提供的分子具有相似结构的分子。 构建Atom-Level表征:将分子转换为原子级别的表征。 更新Atom-Level表征:对原子级别的表征进行更新。 Atom-Level → Token-Level:将原子级别的表征转换回分子级别的表征。 𐟧  表征学习模块 模版模块:提供固定的注意力机制模板。 MSA模块:使用多序列比对(Multiple Sequence Alignment)来更新表征。 Pairformer模块:关注三角形(triangles)并应用注意力机制。 𐟌€ 扩散模块 扩散的基础:准备条件张量。 准备token-level的条件张量:在token级别应用注意力,并将结果投影回原子级别。 准备atom-level的条件张量:在原子级别应用注意力,去预测原子级别的噪声更新。 𐟓‰ 损失函数和训练细节 损失函数和置信度头:计算损失和置信度指标。 置信度指标如何计算:包括pLDDT、PAE和PDE等指标。 循环利用、交叉蒸馏、裁剪和多阶段训练:训练过程中的一些细节。 批次大小:选择合适的批次大小以提高训练效率。 𐟤” 思考总结 检索增强:通过检索相似结构来提高预测准确性。 对偏差注意力:关注并减少模型中的偏差。 自监督训练:使用自监督学习来提高模型的泛化能力。 损失设计:设计合理的损失函数来优化模型性能。 回收机制:通过回收机制来提高模型的效率。 数据的交叉蒸馏:使用交叉蒸馏技术来提高模型的鲁棒性。 通过这些详细的步骤和图表,你可以更好地理解AlphaFold3的工作原理,从而更好地应用这个强大的工具来预测蛋白质结构。

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