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基因组学期刊权威发布_基因组学与应用生物学期刊官网(2024年11月精准访谈)

内容来源：合毅科技所属栏目：观点更新日期：2024-11-30

基因组学期刊

经典回顾，1000+基因组 | 陈玲玲教授团队综述植物端粒到端粒（T2T）基因组研究进展亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室、广西大学生命科学与技术学院陈玲玲教授团队在《基因组学与应用生物学》期刊第43卷第6期发表了题为“植物端粒到端粒（T2T）基因组研究进展与展望”的综述论文。该综述概述了植物T2T基因组的研究进展，结合实例介绍了相应的组装策略，讨论了T2T基因组的意义和面临的挑战，并对未来的发展前景进行了展望。高质量的参考基因组是基因组学研究的基础，随着Nanopore长读长测序及PacBio HiFi高准确性测序技术的不断发展，端粒到端粒（telomere-to-telomere，T2T）基因组组装的物种越来越多。T2T基因组为深入研究着丝粒等复杂区域奠定了基础，对功能基因的挖掘和重要生物机制的研究具有重要意义。

【Genome Biology |单细胞组学与疾病研究中心郑小琪团队开发空间转录组数据降维新算法】近日，上海交通大学公共卫生学院、上海交通大学医学院单细胞组学与疾病研究中心郑小琪课题组在基因组学领域顶级期刊Genome Biology杂志发表了题为GraphPCA: a fast and interpretable dimension reduction algorithm for spatial transcriptomics data的方法论文章。该研究开发了一个快速、可解释性的拟线性降维算法——GraphPCA。基于模拟实验及真实数据的评估结果表明，GraphPCA有效提升了包含空间域检测、降噪以及轨迹推断等多项下游分析任务的性能。这项研究为空间转录组数据的分析提供了一个强有力的新工具，有助于更深入地理解细胞在组织中的复杂相互作用和功能。近年来，空间转录组(Spatial transcriptomics, ST) 技术的快速发展使得研究人员在获取基因表达谱的同时保留了细胞在组织中的空间位置信息，从而能够揭示组织内细胞在空间结构上的异质性。然而，空间转录组数据具有高稀疏性、高维性和低信噪比等特点，为后续数据分析带来了巨大挑战。作为下游分析前必要的预处理步骤，降维不仅可以提高信噪比，还能有效缓解维数灾难。目前，大多数研究人员直接将针对单细胞转录组数据的降维算法应用到空间转录组数据（如Seurat、Scanpy、STUtility等）。然而，这些方法未能充分利用ST数据中的空间信息，可能导致低维嵌入的效率降低，甚至错误的生物学发现。虽然近期已有一些专门针对ST数据的降维算法（如SpatialPCA、DR-SC等），但这些方法或依赖复杂的参数推断，或缺乏模型可解释性。为了克服这些缺陷，本研究基于图正则化表示以及主成分分析法，开发了一种快速、可解释的拟线性降维算法——GraphPCA，该算法可以有效处理空间转录组数据，并提高了低维嵌入的生物学解释能力。 GraphPCA建立在灵活的主成分分析框架上，它通过利用位点/细胞之间的空间邻域结构作为图约束，使得低维嵌入能够有效地保留位置信息。GraphPCA的输入包括基因表达矩阵和位点的空间坐标，这些信息被用于构建位点/细胞间的空间邻域图（默认为k近邻图）。与经典的主成分分析方法不同，GraphPCA通过求解一个受空间邻域图约束的优化问题来推断整合了空间位置和基因表达信息的低维嵌入矩阵。由于该优化问题存在封闭解，GraphPCA的计算效率远高于基于深度学习的方法，从而可以高效地处理不同规模的ST数据。通过图约束，GraphPCA可以使相邻位点/细胞在低维空间中的投影更加接近，并且每个嵌入维度都与特定的空间基因表达模式高度相关，这使得基因-成分的投影矩阵能够反映共表达基因模块的空间表达差异性。作者随后在大量模拟数据和不同物种、组织区域、测序技术的真实数据上进行了广泛的评估，验证了GraphPCA得到的低维嵌入在空间域检测、轨迹推断和去噪等下游分析任务中的性能。此外，GraphPCA模型的灵活性使其能够轻松扩展到多样本整合，通过融合其它切片的基因表达信息进一步提高空间域检测的准确性。

【竟然是真的！挪威科学家破解800年前“井人传奇”】公元1197年，挪威斯韦里斯城堡发生军事冲突，一具尸体被扔进井里以毒害居民。10月25日，研究人员在期刊iScience上发表一项最新研究网页链接。研究人员利用古代DNA证实了这一传奇事件，并发现了“井人”的更多细节。该项技术结合了历史、考古学与基因组学，为未来对历史人物的研究开创了先例。

「喜报」校长魏辅文院士荣获马世骏生态科学成就奖 10月26日，第二十三届中国生态学大会在沈阳召开。会议期间颁发了马世骏生态科学成就奖、中国生态学学会青年科技奖，我校校长魏辅文院士荣获第三届马世骏生态科学成就奖。马世骏生态科学成就奖设立于2006年，是中国生态学学会设立的最高学术奖励，以奖励对生态学理论和应用做出过巨大贡献的我国生态学科技工作者。魏辅文院士长期从事濒危动物演化与保护生物学研究，是国际上濒危动物保护基因组学和宏基因组学研究的主要开拓者,率先提出保护演化生物学和保护宏基因组学新分支学科，重要代表性研究成果分别发表在Science, Nature, Nature Genetics, PNAS, Current Biology, Science Advances, National Science Review, Nature Communication等期刊上。

【藏羚首个染色体水平的高质量基因组公布】记者从青海省科技厅了解到，11月12日，中国科学院西北高原生物研究所研究员张同作联合青海大学副教授魏青等团队，成功组装了藏羚染色体级别的基因组，首次获得藏羚染色体水平的高质量基因组和注释信息，相关研究结果在《自然》旗下综合性科学期刊《科学数据》上发表。研究团队基于PacBio HiFi三代基因组测序、Hi-C测序和DNBSEQ-T7二代基因组survey测序三种测序技术，成功组装了藏羚染色体级别的基因组。基于EDTA和RepeatModeler从头预测的藏羚基因组中重复序列注释结果表明，藏羚基因组重复序列主要由SINEs、LINEs、LTRs和DNA transposons四种类型组成，序列总长度为1.65Gb，占基因组的52.47%；基于蛋白同源预测、蛋白从头预测和深度学习等多种策略，在藏羚基因组上共注释到28330个功能基因。研究团队首次获得藏羚染色体水平的高质量基因组和注释信息，为藏羚的适应进化遗传机制、保护遗传学研究及进一步探索物种迁徙行为的遗传机制提供了重要的基因组资源。

「柳林干货铺」【文明的坐标丨古DNA研究揭开“最古老奶酪”之谜】曾自制过酸奶的人对“开菲尔菌种”并不陌生，该菌种还可以用来发酵豆浆、奶酪等。而这种制作乳制品的方法，早在4000年前，就已经被生活在新疆楼兰小河墓地的古人掌握了。2003年，新疆小河墓地出土了一具约4000年前保存相当完整的女干尸，她因混血的美貌征服了考古学家，被称为“小河公主”。考古学家在其身上发现了一些淡黄色块状物，后来被证明是开菲尔奶酪，其来源自开菲尔酸奶，由开菲尔粒在奶中发酵而成。最近，中国科学家开发古DNA技术对这些 “最古老奶酪”进行系统性古微生物基因组研究，厘清新疆塔里木盆地古人群的生活方式、技术文化的交流和发展，以及在进化时间尺度上开菲尔乳酸菌与人群协同演化、互利共生的分子机制。相关研究论文已在国际著名学术期刊《细胞》(Cell)上发表。（via@中国新闻网）

「我国科研人员利用人工智能指导葡萄育种」中国农业科学院深圳农业基因组研究所研究员周永锋团队开发了一种利用人工智能指导葡萄育种的新方法，有望缩短育种周期，加速葡萄品种创新，并为其他多年生作物育种提供方法参考。此项研究成果4日在线发表于国际权威期刊《自然》旗下子刊《自然ⷩ—传学》。（来源：新华网）

【1059听天下】记者从中国农业科学院深圳农业基因组研究所了解到，该所研究员周永锋团队开发了一种利用人工智能指导葡萄育种的新方法，有望缩短育种周期，加速葡萄品种创新，并为其他多年生作物育种提供方法参考。此项研究成果昨天在线发表于国际权威期刊《自然》旗下子刊《自然•遗传学》。周永锋说，与杂交育种需要根据葡萄成熟后的表型作出判断相比，基于这种选择模型的全基因组选择育种技术，在葡萄幼苗时期就可以预测其成熟后的性状，可以尽早剔除掉不符合条件的幼苗，减少了不必要的人工成本和投入。（更多新闻，请关注收听FM105.9「烟台音乐广播」每逢半点播出的《1059听天下》）

科研新手必看！8个实验技能学习资源推荐无论是刚进入实验室的新手，还是需要参考作图的老手，以下8个科研实验技术资源库都能帮你提升实验技能。 1⃣ Nature Protocols 𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ 提供详细的实验步骤和注意事项，还有讨论组、常用试剂配方和实验视频。 2⃣ JoVE 𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ 全称Journal of Visualized Experiments，是首个实验视频期刊，非常推荐。 3⃣ Bio-protocol 𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ 一个开放获取和沟通的平台，特别适合初学者，可以使用检索功能。 4⃣ Current Protocol 𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ 提供分步骤的实验操作流程方案，格式统一，一目了然，覆盖范围广，现有25,000篇方案。 5⃣ Protocol Exchange 𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ 由Nature Protocols打造的开放平台，涉及生物化学、微生物、植物学、医学、分析化学等35个领域。 6⃣ Nature Methods 𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ 涵盖生命科学领域中新的研究方法或对经典方法有显著改进的相关论文。 7⃣ Springer Protocols 𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ 最全面的线上生命科学实验指南库，涵盖动物科学、基因组学、微生物学领域，可以在线管理自己的Protocol。 8⃣ Cold Spring Harbor Protocols 𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ𐟌Ÿ 冷泉港实验室是分子生物学领域的巨头，提供分步骤的实验操作流程。以上资源都有详细的介绍，有需要的可以收藏起来哦！

" Frontiers in Aging Neuroscience "期刊发表来自华南师范大学、北京师范大学的孟德尔随机化研究（下图），长期进行中度至剧烈的体力活动，可能会导致认知能力下降，基因预测的中度到剧烈的体力活动，与认知能力降低42%相关。这项研究利用全基因组关联研究（GWAS）的数据来评估中度至剧烈体力活动（MVPA）在认知表现中的作用，还进行了多变量孟德尔随机化分析，以评估MVPA对认知表现的因果影响，同时调整了其他风险因素，包括BMI、吸烟、饮酒和睡眠。具体运动强度如何判断，见图2。更多健康+营养相关文献解读，还请点个关注哈，一起学营养，科学健康生活 #运动# #sci# #变美变瘦变好看# #变美# #认知# #痴呆# #科普# #健康科普# #健康科普在小红书#

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